In 1798 werd de godsdienstvrijheid in de grondwet vastgelegd. De katholieken in Enschede probeerden de kerk op de Markt terug te krijgen. Bij de volkstelling in 1801 was de bevolking toegenomen tot 7080, waarvan in de stad zelf 1835 woonden en daarvan waren er 349 katholiek. In totaal waren er 2593 katholieken, die merendeels in Lonneker woonden. In 1809 besloot koning Lodewijk Napoleon ter plekke dat de protestanten de kerk mochten behouden, want zij vormden in de stad immers de meerderheid.
In 1817 vroeg het kerkbestuur aan koning Willem I subsidie om de schuilkerk in Enschede te kunnen uitbreiden en om een kerk te kunnen bouwen in Lonneker. Voor de bouw van een kerk in Lonneker werd subsidie verleend, voor de uitbreiding in Enschede niet, want die werd niet meer nodig geacht.
Het ontwerp voor de kerk in Lonneker lag al gereed (gemaakt door architect Antonie ter Vergert uit Enschede, geboren in Lonneker), zodat de bouw snel kon beginnen. De kerk was ontworpen overeenkomstig de Waterstaatsstijl, maar die dienst kwam er niet aan te pas.
De kerk werd vrij centraal in de buurtschap gebouwd. In 1820 was de kerk gereed en hij werd bediend vanuit Enschede.
Voor de bouw werd ook materiaal gebruikt dat afkomstig was uit het in 1811 op last van Napoleon gesloten klooster Maria Vlucht in Glane. Het interieur van de kerk in Lonneker werd verfraaid met een 15e eeuwse Piëta uit Maria Vlucht. Ook de klok uit 1452 was afkomstig uit het klooster in Glane. Vermoedelijk waren de kerkbanken ook afkomstig uit Glane.
Lonneker werd in 1837 een eigen statie. Toen in 1853 de bisschoppelijke hiërarchie werd hersteld, was Nederland geen missiegebied meer en werden de staties officiële parochies.
In 1838 kwam er in Lonneker een eigen pastoor. In 1845 werd de kerk verbouwd en in 1860 kreeg de kerk op de westgevel een toren met een uurwerk. De kerk bleef in gebruik tot 1912.
De kerk in Lonneker beschikte niet over een orgel en de dienst werd begeleid door klarinetten. Deze muziekinstrumenten werden ook wel gebruikt voor feestelijkheden buiten de kerk.
Foto’s van deze kerk in Lonneker (na de verbouwing van 1860) vindt u onder de links.