Lonneker behoorde tot het kerspel Enschede en de bevolking kerkte daar in de aan Jacobus de Meerdere gewijde kerk op de Markt.
Na 1586 stond er een protestantse predikant in Enschede. In 1597 veroverde Maurits Bredevoort, Groenlo, Enschede, Oldenzaal, Ootmarsum en Lingen op de Spanjaarden. Een vrije beleving van de katholieke eredienst werd verboden. De stadsbevolking van Enschede ging gemakkelijk over naar het protestantisme. De inwoners van Lonneker bleven katholiek, vermoedelijk vooral doordat de “huisheren”, die de macht in handen hadden en zelf afhankelijk waren van bijv. kloosters, katholiek bleven. De katholieke kerk ging ondergronds. Sacramenten konden worden ontvangen in huiskapellen (bijv. op Hof Espelo, dat in bezit was van de Proosdij van het kapittel van Sint Pieter te Utrecht en vanwaaruit alle bezittingen van dat kapittel in Twenthe en de Grafschaft Bentheim werden bestuurd) of net over de grens, waar in het gebied van de vorst-bisschop van Münster, kerkhuizen werden gesticht, bijv. in Glane, waar geregeld gelovigen uit Lonneker kwamen. In 1655 werd het huis in Glane een klooster voor de uit Almelo verdreven zusters van het St. Catharinaklooster.
Toen er in de loop van de 17e eeuw wat meer godsdienstvrijheid kwam, werden schuilkerken oogluikend toegestaan. In Lonneker werd in 1665 een schuilkerk gebouwd op het Bouwhuis en evenals de oorspronkelijke kerk in Enschede gewijd aan Jacobus de Meerdere. In ieder geval kwam er vanaf 1687 voor de diensten op zon- en feestdagen een pastoor uit Enschede. De schuilkerk op het Bouwhuis bleef in gebruik tot 1820.