Na de beeldenstorm ging Utrecht in 1580 over tot het protestantisme en werden alle kerken en kloosters geconfisqueerd en werd het openlijk vieren van de katholieke eredienst verboden. De parochianen van de Sint-Geertenkerk wisten de beschikking te verkrijgen over twee huizen aan de Mariaplaats. Hierin werd een schuilkerk ingericht, gewijd aan Sinte-Gertrudis.
In 1697 werd de schuilkerk vergroot met twee galerijen. Onder de galerijen werden horizontaal 15 schilderingen op paneel aangebracht van o.a. de apostelen. Jacobus de Meerdere is afgebeeld met een staf, een reistas met schelp en een boek. De schilderijen zijn niet gesigneerd en dus zijn maker en jaartal niet bekend, maar ze worden wel toegeschreven aan de Utrechtse School en zijn vermoedelijk gemaakt door een leerling van Abraham Bloemaert (1566-1651).
De Sint-Gertrudiskapel is, toen de Kathedraal Sinte-Gertrudis werd gebouwd daarin opgenomen en tot 1914 gebruikt aks kerk. Daarna was in de kapel vanaf 1928 het museum van de oud-katholieken gevestigd tot het in 1968 verhuisde naar het Catharijneconvent. Thans wordt de kapel gebruikt als vergaderruimte. Van 1989 tot 1992 is de kapel gerestaureerd.