Het huidige stempel van de Jacobikerk is gemaakt door H. van Kooten naar een tekening van het oude stempel uit de 14e eeuw. In de 16e eeuw kwam er een nieuw stempel. Op alle drie de stempels, die uit de 14e eeuw, die uit de 16e eeuw en de laatste uit de 20e eeuw staat Jacobus afgebeeld, terwijl hij pelgrims kroont.
Het rondschrift zegt:
SIGILUM PAROCHIE SCI (=sancti) JACOBI TRIECT (SIS).
In het Nederlands vertaald : zegel van de parochie van St. Jacob Utrecht