Nadat in 1629, bij de val van ‘s-Hertogenbosch, de katholieke eredienst in Den Dungen werd verboden, kwam de kerk in handen van de protestanten en tot 1798 was de Sint Jacobuskerk een protestantse kerk.
De katholieken konden nog terecht bij de Norbertijnen van de Abdij van Berne, die in Berlicum actief waren. Van 1650-1711 moesten zij in het geheim bijeenkomen en werden de diensten verzorgd door de Paters Minderbroeders uit Megen. In 1717 werd een schuurkerk gebouwd in de tegenwoordige Paterstraat. De schuurkerk had, net als de vroegere parochiekerk Jacobus de Meerdere als patroon. De schuurkerk werd op een gegeven ogenblik te klein en in 1791 begon men aan de verbouwing tot een vernieuwde schuurkerk op dezelfde plek. Deze is tot 1821 in gebruik geweest. Na de ingebruikneming is de schuurkerk in 1823 afgebroken, het nog vrij nieuwe bouwmateriaal werd verkocht voor hergebruik elders en de grond werd verkocht. Op de plek werd een boerderij gebouwd, waarbij vermoedelijk de voormalige pastorie van de schuurkerk gebruikt werd als het woongedeelte.
In 1807 werd de oude kerk aan de katholieken teruggegeven, maar pas vanaf 1821 was deze weer in gebruik.
In twee ramen in de huidige Sint-Jacobuskerk wordt het betrekken van de schuurkerk verbeeld en het teruggeven door Lodewijk Napoleon.
N.B.: Veel van de informatie over de kerk in Den Dungen werd ontleend aan een website van het museum voor vlakglas- en emaillekunst in Ravenstein. Dit museum is in 2017 gesloten. De op de website van dat museum ondergebrachte database over kerkramen is niet meer toegankelijk. De bij Den Dungen aangebrachte links geven een foutmelding en zijn vooralsnog verwijderd. Mocht ooit duidelijk worden waar de database weer te raadplegen wordt, dan worden de links opnieuw ingevoegd.