Nadat in 1594 de Jacobuskerk overgegaan was in de handen van de protestanten, duurde het tot 1606 voordat de overgebleven katholieken zich organiseerden in een statie (een vervanging van een parochie in een gebied waar katholicisme verboden is of waar een bisschoppelijke organisatie ontbreekt) en op een onopvallende plek samen kwamen. De statie had als patroon Jacobus de Meerdere, zoals de gedwongen afgestane kerk. (Eeuwenlang gold Sint Jacob als patroon, ondanks dat de kerk eerder toegewijd schijnt te zijn geweest aan Dionysius.) Uithuizen was daarmee wel de eerste plaats in de Groninger Ommelanden waar na de Reformatie in het geheim een katholieke statie werd gesticht.
Op 23 juli 1594 werd de Spaansgezinde stad Groningen ingenomen door de Staatse Troepen. Bij de zgn. Reductie van Groningen werd de stad onderdeel van de Republiek der Verenigde Nederlanden. Tevens werden de Ommelanden, geheel tegen hun zin, samengevoegd met de stad. Verder werd in geheel Groningen de Reformatie doorgevoerd en werden de katholieke kerken overgedragen aan de protestanten en de kloosters ontmanteld. De stad Groningen slaagde erin, ondanks dat het in feite de verliezende partij was, om een groot deel van de bezittingen van de kloosters zelf in handen te krijgen, zodat de stad, veel grond in de provincie in bezit kreeg.
De Reformatie die tijdens de Tachtigjarige Oorlog plaats vond was, naast een kerkelijke gebeurtenis, ook een bestuurlijke en maatschappelijke omwenteling.
Aanvankelijk kwamen de katholieken samen op wisselende plekken in boerderijen. In 1629 kreeg de katholieke gemeenschap drie naast elkaar gelegen percelen aan de Achterweg (thans Schoolstraat) ter beschikking. De huizen werden ingericht als vergaderplek. In 1777 kon deze vergaderplaats worden vernieuwd en vergroot.
Uithuizen is de enige plaats in de provincie Groningen waar de toewijding van Sint-Jacob bij de Reformatie overging van de oorspronkelijke kerk op de schuilkerken en veel later, na de invoering in 1795 van volledige godsdienstvrijheid en het herstel in 1853 van de bisschoppelijke hiërarchie, op een nieuw gebouwde kerk. Enkele voorbeelden van zo’n zelfde gang van zaken in andere delen van het huidige Nederland zijn Den Haag, Utrecht, Schiedam, Enschede en Winterswijk.