Rond 1900 waren grote restauratiewerken noodzakelijk aan de Sint-Jacobuskerk 2b. In plaats daarvan werd besloten tot nieuwbouw op dezelfde plek. Er werd gekozen voor z.g. centraal bouw, dat wil zeggen een kerk met vanaf alle kanten goed zicht op het altaar. Jan Stuyt werd de architect (zijn bureau had ook de nieuwe Sint-Bavo in Haarlem ontworpen).
Het werd een in die tijd spraakmakend gebouw. In 1923 werden het voorportaal en de toren toegevoegd (daar was eerder geen geld voor).
In de jaren 1991-93 vond nog een zeer grondige, miljoenen guldens kostende restauratie plaats.
De sluiting vann het gebouw voor de eredienst op 27 januari 2002 heeft diep ingegrepen in de parochiegemeenschap.
Sinds het voorjaar van 2007 herbergt de voormalige Sint-Jacobskerk het Jheronimus Bosch Art Center.