De schuilkerk Sint-Jacobus 2 werd in 1870 vervangen door het huidige neogotische gebouw en is ingewijd door de oud-katholieke aartsbisschop. Oorspronkelijk werd er ook een toren bij de kerk gebouwd, maar tengevolge van verzakking werd deze in 1889 gesloopt.
De leden van de parochie waren bijna allemaal hoveniers/tuinders. Door de zich uitbreidende stad kwamen de tuinderijen steeds verder van het stadscentrum te liggen tot in Zuilen, Maarssen, Westbroek en Groenekan. De kerk aan de Bemuurde Weerd in Utrecht bleef het centrum van hun parochie.
In april 1989 moest de kerk haar poorten sluiten ten gevolge van het teruglopend kerkbezoek. De parochie van Sint Jacobus aan de Bemuurde Weerd ging samen met die van Sinte Gertrudis in de Mariahoek en Sinte Marie aan het Achter Clarenburg op in de nieuwe oud katholieke parochie Sinte Gertrudis, gevestigd in de Sinte Gertrudis kerk (tevens kathedraal) aan het Willemsplantsoen.
De nieuwe gebruiker was een meubelmaker/antiquair.
In 2009 is de kerk verbouwd tot woonhuis en dat is later weer verkocht. De link ‘WoonkerkXL’ geeft een inzicht in het interieur van de verbouwde kerk.