In 1911/1912 werd een nieuwe kerk gebouwd ter vervanging van de oude, die te bouwvallig geworden was.
Het gebouw is een georiënteerde driebeukige kruiskerk met vieringtoren, d.w.z. dat de toren boven de kruising van middenschip en dwarsschip gebouwd is.
In de jaren zestig van de 20e eeuw is het interieur van de kerk gerenoveerd.
Vanaf 1837 was Lonneker een zelfstandige parochie. Rond 2000 werd Lonneker samengevoegd met Glanerbrug, Losser en Overdinkel tot de parochie Maria Vlucht (een verwijzing naar het klooster net over de grens in Glane, dat, na de Reformatie een belangrijke rol speelde in de locale katholieke gemeenschap).